В настоящее время в структуре НИИ химии 10 научно-исследовательских подразделений, в том числе:

1. Отдел биологических исследований

1.1. Лаборатория промышленной и экологической токсикологии

1.2. Лаборатория микроанализа

1.3. Сектор молекулярных основ биорегуляции и биоиндикации

2. Лаборатория химической термодинамики

3. Лаборатория органического синтеза и радикальных процессов

4. Лаборатория хроматографии

5. Лаборатория спектроскопии

6. Лаборатория полимеризации

7. Лаборатория химической кинетики

8. Лаборатория прикладной химии и экологии

9. Лаборатория технологии высокочистых материалов

10. Группа физико-химических исследований элементоорганических соединений